Hej Torbjörn!
Även SCB-utdraget över födda i Västerås 1900, som visserligen är en avskrift av originalet, anger att Elsa Margaretas var utomäktenskaplig dotter av Enkan Edla Kristina Johansson, född 1859 11/8.
I folkräkningen 1900 bor familjen i kvarteret Norrmalm i Västerås stad, änkan Edla Kristina Johansson (född 1859 i Husby-Rekarne, Södermanlands län) med barnen Maria Viktoria (född 1882 i Dingtuna), Johan Viktor (född 1885 i Björksta), Anna Leontina (född 1887 i Västerås), Ester Elisabeth (född 1890 i Västerås) samt dess o. ä. dotter Elsa Margareta, född 1900 i Västerås. I denna folkräkning anges - som du säger - Elsa Margareta vara oä. dotter till Edla Kristinas äldsta dotter Maria Viktoria, men jag vet av erfarenhet att det ibland blir fel i dessa folkräkningar, och att den person som registrerade folkräkningen kan ha tolkat uppgifter fel - kanske flyttade dottern hemifrån som ung och kom tillbaka igen, så att hon hamnade efter sina yngre syskon i församlingsboken, modern fick det oäkta barnet därefter och vips så har Elsa Margareta råkat bli sin äldre halvsysters dotter, om hon antecknats i församlingsboken i kronologisk ordning.
För att vara helt säker måste man nog dock konsultera församlingsboken från 1901 och se vad som står där, men jag skulle satsa på att Edla Kristina är barnets mor, eftersom det står så i födelseboken.
Mvh, Markus