ssf logo blue Rötter - din källa för släktforskning driven av Sveriges Släktforskarförbund
ssf logo blue Rötter - din källa för släktforskning

Choose language:
Anbytarforum

Författare Ämne: Neanderthal DNA  (läst 3225 gånger)

2002-09-11, 10:27
läst 3225 gånger

Utloggad jtt

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 224
  • Senast inloggad: 2013-02-23, 17:14
    • Visa profil
Din invänding är säkert befogad, Gabriel. Neanderthalare finns ju bevisligen också. Hur det hela sitter ihop funderar förmodligen många på redan. Sykes får nog inte sista ordet, vad han än kan ha menat. Vetenskap är ju en pågående aktivitet, så denna ståndpunkt och mycket annat kan ändras. Det gäller även Darwin. T ex att det på detta sätt skulle dyka upp 7 urmödrar hade Darwin nog trots allt knappast väntat sig, tror jag. Visst är det lite förbryllande och spännande. Keep an open mind. Fortsättning följer. För övrigt: perspektivet är intressant, men det är kanske dags att så smått återvända till praktisk genealogi under denna punkt ?

2002-09-11, 22:47
Svar #1

Christer Påhlsson

Det senaste om neanderthalaren lästes i pressen häromdagen med anl. av fynd i Tyskland & där hävdades det att ingen härkomst föreligger. /Mvh

2002-09-12, 07:58
Svar #2

Utloggad musmicke

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1354
  • Senast inloggad: 2018-05-14, 21:49
    • Visa profil
Och trots det finns det nu levande människor som är väldigt lika neanderthalarna (åtminstone som de har representerats av vetenskaps-artisterna) ...

2002-09-12, 15:48
Svar #3

Utloggad gabriel

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1018
  • Senast inloggad: 2019-04-22, 17:25
    • Visa profil
Även om jag håller med John om att det är dags att återvända till den praktiska användningen av den nya DNA-tekniken så skall jag kommentera något om neaderthalmänniskan.  
 
Neaderthalmänniskans släktskap med oss (en sidogren eller våra egna förfäder) har länge varit en stridsfråga i forskarvärlden. Vad som hänt de senaste tio åren (som jag känner till) är:  
1) att man med mtDNA-test har kommit fram till att MRCA ligger längre tillbaka i tiden och därför kan inte neaderthalmänniskan var vår urmoder på raka mödernet.  
2) Relativt nyligen (slutet av 1990-talet) har man funnit fossil i Israel (daterade som så sent som för 30 000 år sedan) som uppvisar drag både av den moderna människan och neanderthalmänniskan.  
 
Eftersom det är känt att neaderthalmänniskan samexisterat med den moderna människan åtminstone under 70 000 år förefaller det åtminstone för mig ytterst märkligt att inte en del av den beviserligen gemensamma avkomman skulle ha gett upphov till dagens europ?er. Om vi låt oss säga antar att endast 2 % av vår härkomst för 100 000 år sedan bestod av neanderthalmänniskor så innebär detta att chansen inte är speciellt stor att just den raka möderneanan skulle vara en neanderthalmänniska. Bevisvärdet för mtDNA-testet förlorar alltså nästan allt sitt bevisvärde.

2010-05-07, 22:25
Svar #4

Utloggad gabriel

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1018
  • Senast inloggad: 2019-04-22, 17:25
    • Visa profil
Idag fick de flesta människorna i världen en hel uppsättning med nya förfäder. Det handlar naturligtvis om den omdebaterade Neaderthalmänniskan. Nya studier visar att de flesta nu levande människor har ärvt en till fyra procent av vår arvsmassa från Neanderthalmänniskan.
 
Läs mer:
Artikel i DN
Artikel i Science

2011-01-30, 09:30
Svar #5

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Neandertal DNA i 23andme tester.
Följande 44 alleler visar om man har neandertal DNA:
 
rs10484939   C   rs10494778   G   rs10800485   C   rs10852939   T
rs10915846   A   rs10971319   A   rs10971346   T   rs11252810   T
rs11750694   A   rs11792454   T   rs11815066   A   rs12216299   G
rs12416000   A   rs12571093   A   rs1330692   C   rs1556249   T
rs16845098   C   rs16870040   G   rs16917040   C   rs16918958   A
rs16965666   G   rs17133762   A   rs17226291   T   rs17231602   A
rs17254301   T   rs17324630   C   rs17324756   C   rs17430552   C
rs17503834   C   rs17628931   C   rs17745316   A   rs1864325   T
rs2290349   G   rs2297216   A   rs2753977   C   rs332951   T
rs4692788   T   rs4794826   T   rs6670818   G   rs7100599   A
rs7536180   A   rs930557   G   rs9609421   G   rs963660   T
Läs mer här:  
http://spittoon.23andme.com/2010/05/06/new-evidence-suggests-interbreeding-betwe en-humans-and-neanderthals/
 
Har man 5 (min fru) matchningar är det normalt, 10 (jag) är det mycket. 15 är rekordet hittils på 23andme.
Hur många matchningar har ni som testat er nyligen på 23andme?

2011-01-30, 10:29
Svar #6

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Haha, jag vet inte om jag skall redogöra för mitt svar, om jag nu förstått saken rätt. Jag får 16 träffar varav 2 är homozygota och 14 är heterozygota.
 
 

2011-01-30, 12:44
Svar #7

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Gratulerar Jonas !!!
Skulle tro att det finns högre frekvens av neandertalDNA i Skandinavien än i övriga världen.

2011-01-30, 14:54
Svar #8

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Var hittar jag mina alleler på 23andme?

2011-01-30, 15:49
Svar #9

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Under Account - Browse Raw Data, uppe vid inloggningsnamnet.

2011-01-30, 17:07
Svar #10

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Jag fick 13 matchningar, alla heterozygota. Så du är fortfarande mest neandertalare av oss, Jonas!
 
Mina SNP:  
rs1556249 rs1864325 rs4692788 rs9609421 rs10971319 rs10971346 rs11792454 rs16845098 rs17226291 rs17324630 rs17324756 rs17430552 rs17503834  

2011-01-30, 17:43
Svar #11

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Jonas
Skriv in ditt resultat på följande länk så kommer du med i Guiness rekordbok
https://www.23andme.com/you/community/thread/2558/#most_recent

2011-01-30, 18:07
Svar #12

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Intressant att se hur det överensstämmer. Rolf, dina 10 matchar har du publicerad 31 juli 2010 i tråden du länkar till, och det är bara en av dessa som jag saknar. Alltså har vi 9 identiska neandertal-SNP av dina 10 och mina 13. Hur ligger dina Jonas? När jag jämfört med andra så har bara enstaka stämt. En fransman hade kanske hälften genensamt, en engelsman bara en. Det verkar nog som att vi i Norden är det närmaste en neandertalare man kan komma idag.  Gissar att det finns en hel del att utforska om det här för vetenskapen. Är det i norra Europa som de flesta kontakter skett mellan neandertalare och homo sapiens sapiens?

2011-01-30, 23:33
Svar #13

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
rs10800485    C - CC
rs10971319    A - AG
rs10971346    G - GT  
rs11750694    A - AA
rs11792454    T - CT
rs12571093    A - AG
rs1556249    T - CT
rs17226291    T - CT
rs17231602    A - AG
rs17324756    C - CT
rs17745316    A - AG
rs2753977    C - CT
rs4692788    T - CT
rs6670818    G - GG
rs7100599    A - AG
rs7536180    A - AC
 
16 träffar (varav tre, fel av mig tidigare, homozygoter)

2011-01-30, 23:46
Svar #14

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
En snabbräkning ger vid lag att jag har sju gemensamma snippar med dig Anders...

2011-01-31, 15:57
Svar #15

Utloggad peter_64

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 119
  • Senast inloggad: 2019-04-21, 22:35
    • Visa profil
Hej
Fick man inte lära sig i skolan att homozygota var brunögda och heterozygota var övriga normala ögonfärger?
//Peter
 
(Meddelandet ändrat av Peter_64 2011-01-31 15:58)

2011-01-31, 19:12
Svar #16

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Termerna homo- och hetero-zygot avser huruvida anlaget jag ärvt från föräldrarna är lika eller inte. Vad resultatet blir för ett anlag är beroende av om anlaget är dominant eller recessivt. För att ett recessivt anlag skall få genomslag måste man ärva det anlaget från båda föräldrarna.
 
(Meddelandet ändrat av jonas_magnusson 2011-01-31 19:21)

2011-02-01, 12:31
Svar #17

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Nu är det någon i tråden på 23ande som tydligen har 29 matchningar, så du är inte längre i rekordboken, Jonas.

2011-02-01, 15:28
Svar #18

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Jonas
Du leder fortfarande  
När man studerar hans resultat närmare ser man att han har 5 matchningar varav 1 är homozygot.

2011-02-01, 23:23
Svar #19

Utloggad lab

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 383
  • Senast inloggad: 2019-05-25, 19:44
  • Leif Boström
    • Visa profil
    • familjenbostrom.se/genealogi
För den förmodade fyrmänning till mig där de möjliga anorna skulle finnas inom intervallet 3-4 generationer bakåt, med 0,97 procents identiskt DNA och 7 lika DNA-segment, har jag kartlagt samtliga svenska anor fem generationer bakåt, nästan alla sex generationer bakåt och många anor längre tillbaka. Det närmaste gemensamma anparet jag hittat hittills finns 10 generationer bakåt från honom och 9 generationer bakåt från mig. Det finns fler gemensamma anor längre tillbaka. Det saknas en ana i femte generationen bakåt från honom p g a ett oäkta barn. Jag har inga anor som bodde i den församling det barnet var fött i under de åren.
 
Av de 44 alleler som är intressanta för eventuellt släktskap med Neandertalare har jag 17 som inte delas med afrikaner. Nedan visar jag en sammanställning med träffarna där jag även tagit med Jonas, Anders och Rolfs träffar. Vi har ganska många gemensamma träffar. Jag är 100% europé och bland mina staplar är nordeuropéer längst och de fyra afrikanska nästan obefintliga. Antagligen har jag så många träffar, eftersom Neandertalarna troligen finns bland förfäderna till européerna.
 
Allel   Ej Afrika   Leif   Jonas   Anders   Rolf
rs10800485   C   -   CC   -   -
rs10915846   A   AG   -   -   AG
rs10971319   A   AG   AG   AG   AG
rs10971346   T   GT   GT   GT   GT
rs11750694   A   AC   AA   -   -
rs11792454   T   CT   CT   CT   CT
rs12416000   A   AG   -   -   -
rs12571093   A   AG   AG   -   -
rs1556249   T   CT   CT   CT   CT
rs16845098   C   -   -   CT   CT
rs17226291   T   CT   CT   CT   -
rs17231602   A   AG   AG   -   -
rs17254301   T   CT   -   -   -
rs17324630   C   CT   -   CT   CT
rs17324756   C   CT   CT   CT   CT
rs17430552   C   -   -   CT   CT
rs17503834   C   -   -   CT   CT
rs17745316   A   -   AG   -   -
rs1864325   T   CT   -   CT   -
rs2753977   C   CT   CT   -   -
rs4692788   T   CT   CT   CT   -
rs6670818   G   -   GG   -   -
rs7100599   A   AG   AG   -   -
rs7536180   A   -   AC   -   -
rs9609421   G   -   -   G   -
Leif A Boström, Täby - familjenbostrom.se/genealogi

2011-02-01, 23:51
Svar #20

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Jag fixade en lite tydligare tabell:
 
AllelOOALeifJonasAndersRolf rs10800485C-CC-- rs10915846AAG--AG rs10971319AAGAGAGAG rs10971346TGTGTGTGT rs11750694AACAA-- rs11792454TCTCTCTCT rs12416000AAG--- rs12571093AAGAG-- rs1556249TCTCTCTCT rs16845098C--CTCT rs17226291TCTCTCT- rs17231602AAGAG-- rs17254301TCT--- rs17324630CCT-CTCT rs17324756CCTCTCTCT rs17430552C--CTCT rs17503834C--CTCT rs17745316A-AG-- rs1864325TCT-CT- rs2753977CCTCT-- rs4692788TCTCTCT- rs6670818G-GG-- rs7100599AAGAG-- rs7536180A-AC-- rs9609421G--G- Antal17161310
 
(Meddelandet ändrat av jonas_magnusson 2011-02-02 00:23)

2011-02-02, 00:20
Svar #21

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Korstabellen nedan visar i grönt antal gemensamma (för OOA) positiva alleler oavsett konstellation. Röda siffror visar antal exakta gemensamma (för OOA) positiva alleler.
 
LeifJonasAndersRolf LeifX[color=119911]12[/color][color=119911]9[/color][color=119911]7[/color] Jonas11X[color=119911]7[/color][color=119911]5[/color] Anders97X[color=119911]9[/color] Rolf759X
 
- Man kan konstatera att alla gemensamma matchningar mot OOA är desamma för alla konstellationer utom för rs11750694 där Leif och jag skiljer oss åt.
 
- Det finns fem alleler där alla fyra har träff.
 
- Eftersom det är 25 alleler redovisade måste det vara 19 stycken som ingen av oss har träff på.
 
- Det är bara jag som har konstaterade homozygoter??
 
 
Förmodligen en massa värdelöst vetande...
 
 
(Meddelandet ändrat av jonas_magnusson 2011-02-02 00:25)

2011-02-02, 00:32
Svar #22

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Leif, du skriver Det finns fler gemensamma anor längre tillbaka.. Det är väl orsaken till att du får ett så högt värde, trots att den gemensamma anan är relativt långt tillbaka i tiden? Siffran 0,97% borde vara en kombination av nedärvt gemensamt DNA från flera håll!?
 
(Meddelandet ändrat av jonas_magnusson 2011-02-02 00:33)

2011-02-02, 21:50
Svar #23

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Nedanstående tabell visar förekomsten av neandertalSNP i Centraleuropa CEU%
jämfört med de 4 tillgängliga resultaten från Sverige (LJAR). (*) står för homozygot.
U anger att Sverige är underrepresenterat Ö att vi är överrepresenterade.
Helt klart visar tabellen att Skandinavien har mer Neandertalättlingar än EU i övrigt  
Jag skall be andra 23andme testare inom Pålsen projektet att publicera sina resultat här.
 
SNPOOACEU%LJAR rs10484939C220U rs10494778G20 rs10800485C571* rs10852939T530U rs10915846A562 rs10971319A204Ö rs10971346T224Ö rs11252810T160 rs11750694A302*Ö rs11792454T134Ö rs11815066A120 rs12216299G150 rs12416000A271 rs12571093A142Ö rs1330692C150 rs1556249T204Ö rs16845098C452 rs16870040G00 rs16917040C00 rs16918958A130 rs16965666G120 rs17133762A120 rs17226291T223Ö rs17231602A102Ö rs17254301T371 rs17324630C173Ö rs17324756C224Ö rs17430552C202Ö rs17503834C272Ö rs17628931C120 rs17745316A251 rs1864325T402 rs2290349G120 rs2297216A320U rs2753977C202Ö rs332951T150 rs4692788T33Ö rs4794826T180U rs6670818G571* rs7100599A162Ö rs7536180A121 rs9609421G71Ö rs963660T200U  
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-03 21:05)

2011-02-02, 22:51
Svar #24

Utloggad jonas_magnusson

  • Jonas Magnusson (www.cognatus.se)
  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 1310
  • Senast inloggad: 2019-03-21, 22:49
    • Visa profil
    • www.cognatus.se
Det är bara 43 snippar i listan, vad beror det på?

2011-02-02, 23:06
Svar #25

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Jonas
Jag såg att rs930557 har båda varianterna av allel C/G bland afrikaner på följande webbsida
http://www.snpedia.com/index.php/Rs930557
och därför tog jag bort den ur listan.
 
SNP rs1864325 fanns inte heller med ibland de 42 som David Lonard publicerade i Maj.  
Den nämns dock i andra inlägg på 23andme och allelen T saknas bland afrikaner.  
Jag har CT på denna SNP och har därför 11 matchningar totalt.
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-02 23:17)

2011-02-03, 00:25
Svar #26

Utloggad sisu

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 165
  • Senast inloggad: 2019-04-14, 14:57
    • Visa profil
Hej!
Jag har nu också fått mina testresultat från 23andme. Haplogrupperna blev på YDNA I1* och på MtDNA H1a, alltså en typsik europeisk/skandinavisk profil som väntat.
Jag här även redan fått förfrågningar från två 3rd cousins genom Relative Finder, från USA resp Norge. Spännande!
Jag har med intresse följt diskussionen här ovan. Men hur gör jag för att få fram ev. Neanderthal-kopplingar ur mitt testresultat? Jag behöver lite konkreta tips och råd hur jag lämpligast går tillväga när jag har hämtat min rådata.
Mvh
Hälsningar
Anders B

2011-02-03, 18:17
Svar #27

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Anders, Account -> Browse Raw Data (uppe till höger), och på den sidan matar du in alla de 43 SNP som finns i listan ovan, så får du din genotype för dessa. Du ska alltså ha den typ som kallas OOA (Out of Africa) i listan ovan för att det ska vara en Neandertahl-koppling.
 
Det är faktiskt lite svårt att ta in. Man har alltså neanderthalare i sin antavla!!

2011-02-03, 19:14
Svar #28

Utloggad gugus

  • Anbytare **
  • Antal inlägg: 46
  • Senast inloggad: 2016-01-06, 20:56
    • Visa profil
    • www.vilg.se
Har hittat följande Neandertal allel hos mig.
C   CC   rs10800485
T   CT   rs10852939
A   AG   rs10971319
T   GT   rs10971346
T   CT   rs11252810
A   AC   rs11750694
T   CT   rs11792454
C   CT   rs1330692
T   CT   rs1556249
T   CT   rs17226291
T   CT   rs17254301
C   CT   rs17324630
C   CT   rs17324756
G   GG   rs6670818
T   CT   rs963660
 
Totalt 15 st, vara 2 homozygota
 
Mina haplogrupper är G2a för Y-DNA och H2a2a för MtDNA.
 
(Meddelandet ändrat av gugus 2011-02-03 19:24)

2011-02-03, 20:14
Svar #29

Utloggad mikael

  • Anbytare **
  • Antal inlägg: 29
  • Senast inloggad: 2011-02-03, 20:14
    • Visa profil
Och jag har hittat följande om jag nu tänkt rätt.
rs10494778 AG
rs10852939 CT  
rs10915846 AG
rs10971319 AG
rs10971346 GT
rs11792454 CT
rs1556249 CT  
rs17226291 CT
rs17324630 CT
rs17324756 CT
rs17430552 CT
rs2297216 AG
rs4794826 CT
rs9609421 AG
14 i så fall.  
homozygot hur kollar jag det ?
Och vad innebär det ?
 
123 st männingar påstår tjänsten att jag har med högsta  
0,34 %.
 
Tjänsten påstår även att jag är 100 % Europe.
 
Mödernet U5a2b, Fädernet R1b1b2a1a1*

2011-02-03, 20:59
Svar #30

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Resultat OOA för min fru = 7 allerer varav en homozygot
rs10800485, rs10852939*, rs10915846, rs12216299
rs16845098, rs1864325, rs6670818
 
Jag och frun fick ej resultat på rs17226291 av någon teknisk anledning.
Eftersom ni andra fått träff på denna SNP kanske mina OOA allerer = 12 och min fru 8.
 
Jag har hittat ett tryckfel i min frekvenstabell ovan och har nu rättat till rs1864325 och inte det som stod tidigare.
Med 7 deltagare blir det 11 Ö och 2 U i tabellen och skandinaver har nästan dubbelt så mycket neandertalDNA som centraleuropeer.
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-03 21:08)
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-03 21:58)

2011-02-03, 23:14
Svar #31

Utloggad sisu

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 165
  • Senast inloggad: 2019-04-14, 14:57
    • Visa profil
Nu har jag också kollat igenom mina Neandertahl allel (tack Zzz för hjälpen) och fått fram 7 träffar, men ingen homozygot. Det verkar som om jag har lite anorlunda träffar gentemot övriga som är redovisade här!? Så här ser mina resultat ut;
rs10915846 A   AG
rs11815066 A   AG
rs16845098 C   CT
rs16965666 G   GT
rs17503834 C   CT
rs17628931 C   CT
rs2753977  C   CT
Mina anor finns främst i Östergötland, Småland, Närke och med några avstickare, bl.a. till Skåne.
 
(Meddelandet ändrat av Sisu 2011-02-04 00:15)
Hälsningar
Anders B

2011-02-03, 23:26
Svar #32

Utloggad berlin

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 267
  • Senast inloggad: 2015-05-19, 21:57
    • Visa profil
    • www.morlanda.se
Från Mikael Hammer med anor från Bohuslän och Småland hemsida:
När det gäller den senaste analysen av Neanderthal genomet, här är en tabell:  
SNP Neanderthal allel Mina alleler  
rs10800485 C CC  
rs10852939 T CT  
rs10915846 A AG  
rs10971319 A AG  
rs10971346 T GT  
rs11792454 T CT  
rs1556249 T CT  
rs16918958 A AC  
rs17324630 C CT  
rs17324756 C CT  
rs2753977 C CT  
rs4794826 T CT  
rs6670818 G GG  
dvs 13 matcher varav två homozygota
 
Nu har totalt 9 svenskar redovisat sina Neandertal matchningar och Leif B har mest med sina 17 matchningar. (Världsrekord?)
Genomsnittet ligger på 13 matchningar i den svenska gruppen jämfört med 9 i övriga europa enligt följande databas:
http://hgdp.uchicago.edu/cgi-bin/gbrowse/HGDP/
Sök efter SNP i förteckningen ovan.  
Efter detta kommer du att se en region i genomet centrerad på SNP du sökte efter.  
Om du klickar på SNP som är markerade med trianglar, kommer ett nytt fönster öppnas som plottar allel frekvenser för varje allel  
i alla befolkningsgrupper som är representerade i HGDP datasetet.
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-04 21:22)
 
(Meddelandet ändrat av berlin 2011-02-04 21:26)

2011-02-04, 11:41
Svar #33

Utloggad zzz

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 7644
  • Senast inloggad: 2019-04-08, 16:27
    • Visa profil
    • Scangen
Mikael K, homozygoter är när bägge anlagen från föräldrarna är lika, alltså i detta fall när bägge är OOA. Du har inga, men Mikael Hammer i förra inlägget har två. Vad det betyder får någon annan spekulera över.

2011-02-06, 12:35
Svar #34

Utloggad moj

  • Anbytare *
  • Antal inlägg: 13
  • Senast inloggad: 2012-07-10, 07:16
    • Visa profil
    • sanderfamily.org
rs11750694   A   AC   *
rs12216299   G   GT   *
rs12571093   A   AG   *
rs16845098   C   CT   *
rs17226291   T   Inget data
rs17231602   A   AG   *
rs2297216   A   AG   *
rs7100599   A   AG   *
 
7 matchningar. Beror möjligen avsaknaden av data för rs17226291 på mitt test är gjort med ett äldre chip (maj 2010, 23andme) som inte detekterade detta?

2011-02-27, 19:09
Svar #35

Utloggad erlund

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 172
  • Senast inloggad: 2011-02-27, 19:22
    • Visa profil
Hej!
Har hittat följande 10 matchningar för Neandertalare.
SNP      
rs10800485   C   CC
rs10915846   A   AG
rs11252810   T   CT
rs11750694   A   AA
rs12416000   A   AG
rs17628931   C   CT
rs17745316   A   AG
rs1864325   T   CT
rs2297216   A   AA
rs6670818   G   GG
 
Mvh
Erik Lundin, Enskede

2011-06-20, 19:56
Svar #36

Utloggad tony

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 191
  • Senast inloggad: 2019-03-17, 21:52
    • Visa profil
Har fått lite resultat Y-DNA och mtDNA från Familytreedna. Men jag undrar vad för program man behöver för att kunna öppna FASTA filer ?. Rådata till mtDNA är på FASTA filer.
 
/ Tony

2011-06-20, 22:33
Svar #37

Utloggad annema

  • Anbytare *
  • Antal inlägg: 19
  • Senast inloggad: 2013-01-03, 18:55
    • Visa profil
Tony: hva vil du med FASTA-filene? Det står ikke noe mer du har bruk for i FASTA-filen: din mtDNA haplotype er definert av de SNPs du har testet og de finner du under Results.  
 
Du skriver du har fått lite resultat - hvilke tester har du tatt, hvor mange treff (matches) har du, og hva har du funnet ut om haplogruppene du tilhører? Du er med i prosjekter? Jeg anbefaler alle å være med i alle de relevante haplogruppe-prosjekter i tillegg til geografiske prosjekter og eventuelle slektsnavnsprosjekter.
 
For mtDNA er det jo også sånn at om man tilhører H (som ca halvparten av alle europeere gjør) så trengs nesten alltid en fullsekvenstest (FGS) for å finne ut hvilken undergruppe man tilhører.  
 
Anne M Berge
admin for The Norway Project FTDNA
http://www.familytreedna.com/public/Norway/default.aspx

2011-06-20, 23:00
Svar #38

Utloggad lp72

  • Anbytare ****
  • Antal inlägg: 644
  • Senast inloggad: 2019-03-13, 11:57
    • Visa profil
Ang de genetiska spår neanderthal-dna vi har haft uppe tidigare i den här tråden så finns det nu en sida där man kan ladda upp sina SNP-resultat och se hur många träffar det blir. Se den här sidan http://esquilax.stanford.edu/#start och klicka på Explore där man kan välja i en lista. Ditt genom (raw data) kan laddas ner från exempelvis 23andMe i en zip-fil, om du har testat dig där, vilken sedan kan laddas upp (uppackad till en txt-fil) på sajten. Själv fick jag 8 träffar, vilket är ganska lågt.

2011-06-21, 17:42
Svar #39

Utloggad tony

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 191
  • Senast inloggad: 2019-03-17, 21:52
    • Visa profil
Med FASTA filerna tänkte jag som Leif nämner, kontrollera spår av neanderthal-dna, om det nu går vill säga?.
Jag vet inte hur dom filerna ser ut och min dator kan inte öppna filen. Så det måste saknas något program i min dator som öppnar upp dessa filer?.
 
Mina tester är : 37 marks Y-DNA = R1b1a2 R-M269 (deepclad test resultat kommer om någon vecka)
                 mtDNA plus     = H CRS 315.1C
 
Har beställt uppgradering av mtDNA till en fullsekvens (FGS) och familyfinder.
 
Jag har lagt in mina resultat på Y-search och mitosearch samt Svenska haplogrupp databasen (ser en otrolig potential i den svenska databasen. Bra initiativ av upphovsmännen !!!.
 
Jag är helt ny på detta spännande område och tar gärna emot fler förslag, tips och ideér på projekt etc som kan ha användning av mina dna uppgifter.
 
/ Tony

2011-06-21, 18:08
Svar #40

Utloggad lp72

  • Anbytare ****
  • Antal inlägg: 644
  • Senast inloggad: 2019-03-13, 11:57
    • Visa profil
Tony, jag tror det är svårt att göra så mycket mer på FTDNA än att jämföra de Y-dna och mt-dnaresultat du har (men vet inte heller vad FASTA är). Det jag nämnde fungerar bara med det autosomala resultatet men får exempelvis via 23andeme, dvs hela genomet. Men kolla även in www.gedmatch.com där du kan ladda upp ditt resultat och en gedcom-fil från ett släktforskningsprogram (om du har något sånt) så kan man se om det blir nåt roligt napp med någon annan. Likaså är de projekt som Anne rekommenderar en bra utväg.

2011-06-21, 18:39
Svar #41

Utloggad bengtisa

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 407
  • Senast inloggad: 2019-02-23, 10:58
    • Visa profil
Tony,
 
kolla den här länken angående FASTA-filer.
 
http://www.fileinfo.com/extension/fasta

2011-06-21, 20:07
Svar #42

Utloggad annema

  • Anbytare *
  • Antal inlägg: 19
  • Senast inloggad: 2013-01-03, 18:55
    • Visa profil
Tony:  
Den testsiden Leif Person skriver om, Interpretome, er for å laste opp rådata fra en autosomaltest - enten fra 23andMe (de har en pakketest hvor Relative Finder er én komponent), eller Family Finder (FTDNA) når denne er klar. Da kan du teste den ut. Promethease fra SNPedia er en mer omfattende side til samme bruk - kanskje litt mer komplisert å bruke. http://www.snpedia.com/index.php/Promethease (Jeg har bare prøvd det med Affymetrix-filer, ikke Illumina - ikke sikker på om de virker ennå, men det kommer nok i så fall.)
 
Jeg vet ikke hvorfor så mange svensker ser ut til å velge 23andMe istedet for FTDNA. FTDNA er helt klart det testeselskap som egner seg best for slektsforskere, som ikke er interessert i sykdomsgener osv. Jeg har selv testet mange familiemedlemmer og brukt begge selskaper, og er ikke i tvil om hva jeg vil anbefale. Om man har svært god råd er det selvfølgelig en del å hente på å teste absolutt max begge steder ...  
 
Sammenligning:
Family Finder og Relative Finder er ganske like. Begge tester et utvalg SNPs på autosomene (ikke hele genomet som Leif skriver). En grundig sammenligning av de to fins på ISOGG:
http://www.isogg.org/wiki/Family_Finder_versus_Relative_Finder
Den aller viktigste forskjellen er match responsiveness - på 23andMe har jeg nesten 400 matches på RF. Nesten INGEN (!) av disse svarer på henvendelser, og jeg vet ingenting om hvem de er eller hvor de er fra. Flere av de som har svart på min henvendelse har valgt å forbli anonyme, slik at de vet ALT om meg, mens jeg ikke vet noe om dem. Flere svarer også at de ikke vet noe om sin slekt men bare ble testet pga Parkinsons disease-forskning.  
 
FF-testene i min familie har typisk mellom 20 og 50 matches - der vet jeg hvor alle er fra, jeg har navn og epostadresse og de fleste svarer på epost og vi kan finne omtrentlig om ikke nøyaktig hvor våre felles aner må være i fra. Jeg har altså funnet ut mye mer gjennom FF selv om FTDNA fremdeles har en liten FF-database.
 
Pakketesten til 23andMe gir deg:
* Relative Finder
* din Y-haplogruppe basert på et utvalg SNPs, ingen STR-markører (man kan dermed ikke bruke dette til slektsgransking og sammenligne med andre testere) - haplogruppe etter gammel nomenklatur (ISOGG 2010)
* din mt-haplogruppe ut fra et utvalg SNPs, ikke nødvendigvis eksakt
Den største ulempen med denne er at man må betale en månedlig medlemsavgift for å ha tilgang til sine data (!). Dette blir svært dyrt etter noen år.
 
FTDNA tilbyr:
* Family Finder  
* et stort utvalg Y-DNA-tester, opp til 111 STR-markører og SNPs tester som kan kjøpes i pakke (Deep Clade, lønner seg for R1b-menn) eller enkeltvis
* mtDNA-test på tre forskjellige nivåer, der FGS/Full Sequence tester hele mitokondriet og er den mest omfattende test på markedet. Siden mtDNA muterer så ekstremt sjelden, er denne vanligvis nødvendig for å ha utbytte av den til slektsforskning og sammenligning
Totalpris for maks test hos FTDNA (for en mann, med Y-DNA) er høyere enn introprisen hos 23andMe, men man får mye mer igjen for pengene, og det er selvfølgelig ingen månedlig avgift.  
 
For begge gjelder å følge med på tilbud og kampanjer for å få reduserte priser.
 
mtDNA-eksempel
* Min test hos 23andMe plasserer meg i mt-haplogruppe U5b2a1
* Min FGS-test hos FTDNA plasserer meg offisielt i U5b2 - revisjon er underveis
* U5-prosjektene hos FTDNA (hvor jeg er en av administratorene) plasserer meg med sikkerhet i U5b2a1a1, og i tillegg, basert på 16239T enda en subclade (U5b2a1a1 - a), der de andre med samme resultat er fra Norge og England.
http://www.familytreedna.com/public/U5b/default.aspx  
I gruppen over min subclade er det også mange finske og tyske linjer. Uten FGS-test hos FTDNA og medlemsskap i dette prosjektet, ville jeg ikke vite noe av dette, bare hatt felles U5b2a1 med svært mange i nord- og øst-Europa.  
 
En FGS-test hos FTDNA og medlemskap i riktig prosjekt forteller altså mye mer enn en 23andMe-test.
 
FASTA
Tony, når du får dine resultater fra mtDNA Full Sequence (FGS) så har du bruk for FASTA-filen dersom du vil donere dine resutater til forskningen. Om du har en sjelden type eller bare få matches (=identiske mtDNA) så kan du legge inn din mtDNA sekvens på GenBank. Da vil alle genforskere ha tilgang til dine data, men du får være anonym (bare GenBank-administrator kan koble navn og resultat). Dette bidrar til videre utforskning og definisjoner av haplogrupper, deres aldersbestemmelse og geografisk utbredning.
 
Jeg har donert i alt fire mtDNA-sekvenser fra min familie/slekt til GenBank, så langt (i samarbeid med dem som faktisk har utført testene).  
 
FTDNA-prosjekter
Norgesprosjektet har nesten 400 medlemmer, men The Sweden Project har såvidt 200. Jeg har nevnt før at de behøver en svensktalende/-skrivende aktiv co-administrator. Jeg har kontakt med Don som er svensk-amerikansk admin om noen vil jeg skal formidle kontakt.

2011-06-22, 18:57
Svar #43

Utloggad tony

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 191
  • Senast inloggad: 2019-03-17, 21:52
    • Visa profil
Om jag vill veta om jag har några (eller hur mycket) spår av neanderthal-dna jag har, så är det 23andMe som gäller?. Så jag kan ladda upp det på tex av Leif nämnda databas.
Den informationen (rawdata) får jag ej av FTDNA, eller har jag missförstått det hela?.

2011-06-22, 20:00
Svar #44

Utloggad annema

  • Anbytare *
  • Antal inlägg: 19
  • Senast inloggad: 2013-01-03, 18:55
    • Visa profil
Tony: les om igjen:
 
Den testsiden Leif Person skriver om, Interpretome, er for å laste opp rådata fra en autosomaltest - enten fra 23andMe (de har en pakketest hvor Relative Finder er én komponent), eller Family Finder (FTDNA) når denne er klar. Da kan du teste den ut.
 
Du kan altså bruke rådata fra din Family Finder-test til å anvende Interpretome.
 
Interpretomes neandertal-kalkulator er ikke spesielt nøyaktig; den sammenligner bare et fåtall SNPs for å se om folk har match.

2011-06-22, 20:32
Svar #45

Utloggad annema

  • Anbytare *
  • Antal inlägg: 19
  • Senast inloggad: 2013-01-03, 18:55
    • Visa profil
En korreksjon:
Load your genome file and choose some of the analyses above. Currently, raw data files from 23andme and Lumigenix (unzipped) are supported. -av Interpretome. Siden de skriver currently er de nok i ferd med å utvikle versjoner for andre typer autosomalt rådata også.  
 
Promethease bruker Family Finder rådata i alle fall fra Affymetrix-plattformen som de brukte fram til jan/feb 2011 - og disse ekstrafunksjon-nettstedene utvikles stadig.
 
(Meddelandet ändrat av annema 2011-06-22 20:58)

2011-06-23, 21:09
Svar #46

Utloggad tony

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 191
  • Senast inloggad: 2019-03-17, 21:52
    • Visa profil
Ok !, tack alla för er hjälp.
Jag lär säkert återkomma med andra frågetecken som behöver rätas ut.

2011-11-01, 17:12
Svar #47

Utloggad mats

  • Anbytare *****
  • Antal inlägg: 4697
  • Senast inloggad: 2019-01-20, 20:08
    • Visa profil
I en artikel idag http://www.dn.se/nyheter/vetenskap/sex-med-arkaiska-manniskor-vanligt så beskrivs hur aborginer har ca 4 % av sina gener från en neandertalliknande människa, den uppblandningen beräknas ha skett sent , för bara 20 till 40 tusen år sedan.
 
Så jag vet inte om 6 procent asiatiskt resp 4 % afrikanskt behöver ha varit i närtid, det kanske är 10 tusen år sedan eller så (detta är skrivet utan en aning om hur man räknar ut detta)

2012-05-12, 19:27
Svar #48

Utloggad tony

  • Anbytare ***
  • Antal inlägg: 191
  • Senast inloggad: 2019-03-17, 21:52
    • Visa profil
Vet man var och när sammanblandningen av neandertal-dna i våra gener i skedde, i asien eller i europa ?.

 

Annonser



Marknaden

elgenstierna utan-bakgrund 270pxKöp och Sälj

Här kan du köpa eller sälja vidare böcker och andra produkter som är släktforskaren till hjälp.

Se de senast inlagda annonserna