Det är en ganska stor fråga, varför jag begränsar mitt svar till perioden 1750-1800.
Dessa var då de huvudsakliga territoriella församlingarna:
Adolf Fredriks församling (kallad Sankt Olofs församling t.o.m. 1775)
Hedvig Eleonoras församling (t.o.m. 1737 även kallad Ladugårdslands eller Östermalms församling)
Jakob och Johannes församling
Klara församling (även kallad Sankta Klara församling)
Kungsholms/Ulrika Eleonoras församling
Riddarholmens församling (uppgick 1807 i Sankt Nikolai församling)
Sankta Katarina församling
Sankta Maria Magdalena församling
Sankt Nikolai församling
Härutöver fanns en lång rad andra församlingar, varav många var icke-territoriella. Här är en förteckning (med risk för att någon saknas):
Andra gardesregementets församling (1790-1792)
Artilleriförsamlingen (från 1794 Svea artilleriregementets församling)
Barnhusförsamlingen (uppgick 1786 i Adolf Fredriks församling)
Borgerskapets änkehus församling
Finska församlingen/Fredriks församling
Finska gardesregementets församling (från 1772)
Franska lutherska församlingen (upphörde 1791)
Göta gardesregementes församling (1792-1806)
Hedvig Eleonoras fattighus församling (utbruten ur Hedvig Eleonora 1749)
Holländsk-reformerta församlingen (införlivad med S:ta Gertruds Tyska församling 1839)
Hovförsamlingen (Slottsförsamlingen)
Judiska (Mosaiska) församlingen (från 1776)
Lätta dragonkårens (av Livgardet) församling (från 1806: Livgardet till häst förs.)
Sabbatsbergs fattighus församling (utbruten ur Sankt Olof 1752)
Sankta Eugenia katolska församling (från 1783)
Skeppsholms/Holmkyrkans församling
Svea livgardes livbataljons församling (t.o.m. 1791)
Svea livgardes södra bataljons församling (dito)
Svea livgardes norra bataljons församling (dito)
Svea livgardes församling (från 1791)
Tyska Sankta Gertruds församling