Skillnaden mellan uppgifterna i jordeböcker och mantalslängder tror jag har med funktionen att göra. Jordeböckerna ger uppgifter om skattebasen, hur mycket kommer in i skatt från fastigheter och byar. Om Per Jonsson verkligen bodde där 1696 spelar inte så stor roll, huvudsaken var hur många mantal hemmanet bestod av vilket bestämde jordräntan som skulle betalas in till kronan. För mantalslängderna var det däremot viktigt vilka personerna var, eftersom bonden skulle betala skatt för varje person mellan 15 och 63 år på gården. I den mån man hittar döda personer i mtl är det utan tvivel rena felskrivningar (frånsett när personen dött efter mantalsskrivningen som ofta skedde i slutet på föregående år).
I övrigt så tycker jag att de frågor du ställt alla kan besvaras med: Ja, troligen. Du gissar att Jon Persson är son till Per Jonsson. Jon är fadder för Anders Perssons son på Häcklinge 5 och anges då vara morbror. Sonens mor Malen Persdr anges i vb 1689 vara från Åsbyggeby där hon troligen också är född. Man kan också se att Per Jonsson skattade för en sonhustru 1695 och 1696 vilket borde vara Jon Perssons hustru eftersom Jon gifte sig 1694.
Dock gissar jag att Bengt Andersson hellre är Anders och Pers styvfar med tanke på förmodad ålder på Anders och Per.