NULL
Skriv ut sidan - Äldre inlägg (arkiv) till 27 juni, 2014
Anbytarforum
Titel: Äldre inlägg (arkiv) till 27 juni, 2014
Skrivet av: Jonas Magnusson skrivet 2011-01-14, 11:26
Jag försöker få lite rätsida på begreppen kring Y-DNA analyser.
Som jag har förstått det så är den rätta benämningen på det resultat man får ifrån ett test med STR-markörer (frekvensen av DYS-numrerade likadana korta sekvenser av baser*) termen haplotyp. Detta görs genom genotypning, vilket är den gängse metoden för analyser som används för de ändamål vi diskuterar här.
Med hjälp av sin haplotyp kan man beräkna sin haplogrupp, vilket är en relativt säker beräkning, men inte 100%-ig?
De olika haplogrupperna är definierade via skillnader på enskilda basers nivå (Single-nucleotide polymorphism (SNP), kallas allmänt för snippar) via det som är egentlig sekvensering**, där man fastställer hela sekvensen för ett stycke DNA.
En fråga jag har är ifall regelrätt sekvensering används för några genealogiska analyser för gemene man?
* Ett teoretiskt exempel vore att man räknar antalet gånger sekvensen AGAT finns i ett stycke DNA om tex 500 baser. Denna analys gör man inte genom att koda av hela stycket DNA, utan genom att tex koppla på något på denna kodsnutt som går att kvantifiera, kallas genotypning.
** Om man sekvenserar samma stycke DNA bestämmer man alla de 500 baserna och i vilken ordning de kommer. Sen går man in och tittar på skillnader på varje enskild liten bas.
Om jag nu förstått det här rätt så består den beräkning av haplogrupp, utifrån den haplotyp man analyserat fram, att en skillnad på basnivå även slår igenom även på STR-nivå. En sekvens kan till exempel bestå av färre AGAT beroende på att en bas i denna lilla sekvens ändrats, till exempel till AGAG. Dessa skillnader hos ett flertal STR-markörer ger ett slags fingeravtryck som kan kopplas till en definierad haplogrupp.
Har jag förstått det här rätt eller är jag ute och cyklar? Jag skall försöka förklara det här på ett lättbegripligt sätt på wiki-rötter, men det är inte det enklaste. Det inser man om man läser detta inlägg!