Titel: Neanderthal DNA
Skrivet av: Anne M Berge skrivet 2011-06-21, 20:07
Tony: Den testsiden Leif Person skriver om, Interpretome, er for å laste opp rådata fra en autosomaltest - enten fra 23andMe (de har en pakketest hvor Relative Finder er én komponent), eller Family Finder (FTDNA) når denne er klar. Da kan du teste den ut. Promethease fra SNPedia er en mer omfattende side til samme bruk - kanskje litt mer komplisert å bruke. http://www.snpedia.com/index.php/Promethease (Jeg har bare prøvd det med Affymetrix-filer, ikke Illumina - ikke sikker på om de virker ennå, men det kommer nok i så fall.)
Jeg vet ikke hvorfor så mange svensker ser ut til å velge 23andMe istedet for FTDNA. FTDNA er helt klart det testeselskap som egner seg best for slektsforskere, som ikke er interessert i sykdomsgener osv. Jeg har selv testet mange familiemedlemmer og brukt begge selskaper, og er ikke i tvil om hva jeg vil anbefale. Om man har svært god råd er det selvfølgelig en del å hente på å teste absolutt max begge steder ...
Sammenligning: Family Finder og Relative Finder er ganske like. Begge tester et utvalg SNPs på autosomene (ikke hele genomet som Leif skriver). En grundig sammenligning av de to fins på ISOGG: http://www.isogg.org/wiki/Family_Finder_versus_Relative_Finder Den aller viktigste forskjellen er match responsiveness - på 23andMe har jeg nesten 400 matches på RF. Nesten INGEN (!) av disse svarer på henvendelser, og jeg vet ingenting om hvem de er eller hvor de er fra. Flere av de som har svart på min henvendelse har valgt å forbli anonyme, slik at de vet ALT om meg, mens jeg ikke vet noe om dem. Flere svarer også at de ikke vet noe om sin slekt men bare ble testet pga Parkinsons disease-forskning.
FF-testene i min familie har typisk mellom 20 og 50 matches - der vet jeg hvor alle er fra, jeg har navn og epostadresse og de fleste svarer på epost og vi kan finne omtrentlig om ikke nøyaktig hvor våre felles aner må være i fra. Jeg har altså funnet ut mye mer gjennom FF selv om FTDNA fremdeles har en liten FF-database.
Pakketesten til 23andMe gir deg: * Relative Finder * din Y-haplogruppe basert på et utvalg SNPs, ingen STR-markører (man kan dermed ikke bruke dette til slektsgransking og sammenligne med andre testere) - haplogruppe etter gammel nomenklatur (ISOGG 2010) * din mt-haplogruppe ut fra et utvalg SNPs, ikke nødvendigvis eksakt Den største ulempen med denne er at man må betale en månedlig medlemsavgift for å ha tilgang til sine data (!). Dette blir svært dyrt etter noen år.
FTDNA tilbyr: * Family Finder * et stort utvalg Y-DNA-tester, opp til 111 STR-markører og SNPs tester som kan kjøpes i pakke (Deep Clade, lønner seg for R1b-menn) eller enkeltvis * mtDNA-test på tre forskjellige nivåer, der FGS/Full Sequence tester hele mitokondriet og er den mest omfattende test på markedet. Siden mtDNA muterer så ekstremt sjelden, er denne vanligvis nødvendig for å ha utbytte av den til slektsforskning og sammenligning Totalpris for maks test hos FTDNA (for en mann, med Y-DNA) er høyere enn introprisen hos 23andMe, men man får mye mer igjen for pengene, og det er selvfølgelig ingen månedlig avgift.
For begge gjelder å følge med på tilbud og kampanjer for å få reduserte priser.
mtDNA-eksempel * Min test hos 23andMe plasserer meg i mt-haplogruppe U5b2a1 * Min FGS-test hos FTDNA plasserer meg offisielt i U5b2 - revisjon er underveis * U5-prosjektene hos FTDNA (hvor jeg er en av administratorene) plasserer meg med sikkerhet i U5b2a1a1, og i tillegg, basert på 16239T enda en subclade (U5b2a1a1 - a), der de andre med samme resultat er fra Norge og England. http://www.familytreedna.com/public/U5b/default.aspx I gruppen over min subclade er det også mange finske og tyske linjer. Uten FGS-test hos FTDNA og medlemsskap i dette prosjektet, ville jeg ikke vite noe av dette, bare hatt felles U5b2a1 med svært mange i nord- og øst-Europa.
En FGS-test hos FTDNA og medlemskap i riktig prosjekt forteller altså mye mer enn en 23andMe-test.
FASTA Tony, når du får dine resultater fra mtDNA Full Sequence (FGS) så har du bruk for FASTA-filen dersom du vil donere dine resutater til forskningen. Om du har en sjelden type eller bare få matches (=identiske mtDNA) så kan du legge inn din mtDNA sekvens på GenBank. Da vil alle genforskere ha tilgang til dine data, men du får være anonym (bare GenBank-administrator kan koble navn og resultat). Dette bidrar til videre utforskning og definisjoner av haplogrupper, deres aldersbestemmelse og geografisk utbredning.
Jeg har donert i alt fire mtDNA-sekvenser fra min familie/slekt til GenBank, så langt (i samarbeid med dem som faktisk har utført testene).
FTDNA-prosjekter Norgesprosjektet har nesten 400 medlemmer, men The Sweden Project har såvidt 200. Jeg har nevnt før at de behøver en svensktalende/-skrivende aktiv co-administrator. Jeg har kontakt med Don som er svensk-amerikansk admin om noen vil jeg skal formidle kontakt.